相続した土地を売却したときの税金はいくら？計算方法・特例・確定申告を解説

親や配偶者から土地を相続し、「売却しようと思うけど、税金はどうなるの？」と疑問に感じていませんか？

相続した土地を売却すると、譲渡所得に係る所得税・住民税・復興特別所得税などの税金がかかります。

しかし、適用できる特例や控除を正しく理解しておけば、税負担を大きく抑えられる可能性があるのです。

この記事では、相続した土地の売却時にかかる税金の種類・計算方法から、取得費加算の特例・空き家の3,000万円控除・確定申告の手続きまでをわかりやすく解説します。

相続した土地の売却でかかる税金は？相続税との違い

相続した土地を売却した場合は「相続税」ではなく「譲渡所得税」などの税金が生じます。

「相続税」と「譲渡所得税」は、課税されるタイミングや対象が異なる別の税金です。

相続税と譲渡所得税の違いは、次のとおりです。

※最終日が休日の場合は翌平日まで

相続税は「財産を取得したこと」に対して課税される税金であるのに対し、譲渡所得税は「土地を売却して利益が出たこと」に対して課税される税金です。

そのため、相続時にすでに相続税を納めていた場合でも、土地を売却して利益が出れば、あらためて譲渡所得税が課税されます。

「一度税金を払っているのにまた課税されるのか」と感じる方もいますが、課税の対象が異なるため、別々に税金が発生する仕組みになっています。

ただし、譲渡所得税の軽減につながる特例もあるので、本記事内で確認していきましょう。

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相続した土地を売却したときにかかる税金の種類

相続した土地を売却した場合、主に以下の5種類の税金がかかります。

（1）所得税（譲渡所得分）

土地の売却によって得た利益（譲渡所得）に対してかかる所得税です。

給与所得などとは分けて計算する「申告分離課税」が適用されます。

譲渡所得の金額が大きくなるほど税額も増えるため、売却価格だけでなく取得費や譲渡費用の把握が重要になります。

（2）住民税

譲渡所得は、所得税だけでなく住民税の課税対象にもなります。

こちらも申告分離課税として計算され、所得税とあわせて負担することになります。

そのため、実際の税負担は「所得税＋住民税」をセットで考える必要があります。

（3）復興特別所得税

復興特別所得税は、東日本大震災の復興財源として設けられた税金で、2013年から2037年までの間、所得税額に対して2.1％が上乗せされます。

譲渡所得についても同様に適用されるため、最終的な譲渡所得税の金額は、所得税・住民税に加えてこの税金も含めて計算されます。

（4）登録免許税

登録免許税は、不動産の登記に関する手続きの際にかかる税金です。

相続した土地を売却する場合、被相続人名義のままでは売却できないため、まず相続登記（名義変更）を行う必要があります。

この相続登記の際に登録免許税がかかるのです。

登録免許税の税額は、不動産の固定資産税評価額に一定の税率を掛けて計算されます。

相続による所有権移転登記の場合、原則として税率は0.4％です。

なお、相続登記は2024年4月から義務化されており、正当な理由なく申請を怠ると過料が科される可能性があるため、早めに手続きを行うことが重要です。

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（5）印紙税

印紙税は、不動産の売買契約書を作成する際に課される税金です。

土地を売却する場合、買主との間で不動産売買契約書を作成しますが、その契約書に記載された金額に応じて印紙税額が決まります。

以下は、不動産売買契約書（不動産の譲渡に関する契約書）を前提とした金額ごとの印紙税額について記載している表です。

令和9年3月31日まで軽減措置が適用されます（契約金額が10万円を超えるものに限る）。

※（）内の金額は令和9年3月31日までの不動産売買契約書に適用

相続した土地の譲渡所得の計算方法

譲渡所得の計算式

相続した土地を売却したときに課税されるのは、売却価格そのものではなく、売却によって得た利益（譲渡所得）の金額に対してです。

譲渡所得は、次の計算式で求めます。

それぞれの内容は以下のとおりです。

• 売却価格
  土地を売却した金額
• 取得費
  土地を取得したときにかかった費用（購入代金・仲介手数料・登記費用・改良費など）
• 譲渡費用
  売却のためにかかった費用（仲介手数料・測量費・解体費など）

取得費はどう計算する？

相続した土地の取得費は、被相続人（亡くなった方）がその土地を取得したときの金額を引き継ぎます。

たとえば、親が30年前に1,000万円で購入した土地を相続した場合、相続人の取得費は「1,000万円（＋購入時の諸費用）」となるのです。

取得費には、購入代金だけでなく、購入時の仲介手数料や登記費用、造成費・改良費なども含めることができます。

これらを漏れなく計上することで、譲渡所得を抑え、税負担を軽減できる可能性があります。

さらに、相続税を納めていた場合は、一定期間内の売却であればその相続税の一部を取得費に上乗せできる『取得費加算の特例』という制度もあるのです。詳細は後述します。

相続した土地の取得費がわからない場合は？

購入当時の書類が残っていないなど、取得費を実額で立証できない場合は、売却価格の5%を取得費とみなす「概算取得費」を使うことができます。

ただし、これはあくまで実額が不明な場合の例外的な扱いであり、実額を立証できるなら実額の使用が原則です。

また、取得費には購入代金のほか、購入時の仲介手数料・登記費用・改良費なども含められる場合があります。

実際の取得費が売却価格の5%を上回る場合は、実際の取得費を使った方が有利です。

税率は保有期間で変わる｜保有期間の起算日に注意

譲渡所得にかかる税率は、土地の保有期間によって大きく異なります。

短期譲渡所得とは保有期間5年以下、長期譲渡所得とは保有期間5年超の場合を指します。

相続した土地の保有期間は、自分が相続した日ではなく、被相続人が土地を取得した日から、売った年の1月1日時点までの期間で判断されるのです。

たとえば、親が2000年4月に購入した土地を2024年1月に相続し、同年10月に売却した場合、保有期間は「親が取得した2000年4月から、売却した年（2024年）の1月1日まで」でカウントします。このケースでは5年を超えているため、長期譲渡所得に該当します。

このように、被相続人が長期間保有していた土地を相続した場合、多くのケースで長期譲渡所得の税率（約20.315％）が適用されます。

譲渡所得税の具体的な計算例

実際の計算例で確認してみましょう。

• 売却価格：3,000万円
• 取得費（被相続人が購入した金額）：1,500万円
• 譲渡費用（仲介手数料など）：100万円

この場合、譲渡所得は以下の通りです。

譲渡所得 ＝ 3,000万円 － 1,500万円 － 100万円 ＝ 1,400万円

この土地が長期譲渡所得（保有期間5年超）に該当する場合、税額の目安は次のとおりです。

1,400万円 × 20.315％ ＝ 約284万円

このように、取得費や譲渡費用の金額によって税額は大きく変わるため、正確に把握することが重要です。

取得費加算の特例で節税できることがある

取得費加算の特例とは？

「取得費加算の特例」とは、相続や遺贈によって取得した土地を売却する際に、納めた相続税の一部を取得費に加算できる制度です。

相続した土地の場合、相続時に相続税を納めたうえで、売却時にも譲渡所得税が課税されるため、税負担が重くなりやすいという問題があります。

取得費加算の特例は、このような二重課税に近い状態を調整するための制度です。

この特例を使うと、取得費に相続税の一部を上乗せできるため、譲渡所得が小さくなり、結果として譲渡所得税の負担を軽減できます。

特例の適用条件

取得費加算の特例を適用するためには、次の要件をすべて満たす必要があります。

• 相続または遺贈によって取得した土地であること
• 相続税が課税されていること（その財産を取得した人に相続税額がある場合）
• 「相続開始日の翌日」から「相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日」までに譲渡している

たとえば2026年6月1日に被相続人が死亡した場合、相続税の申告期限はその翌日から10か月以内なので2027年4月1日となります。

取得費加算の特例は、相続開始日の翌日（この例では2026年6月2日）から適用できます。譲渡の期限は、申告期限の翌日（2027年4月2日）以後3年を経過する日、つまり2030年4月1日までです。

1日でも過ぎると特例は適用できなくなるため、売却時期について注意してください。

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加算できる相続税額の計算

取得費に加算できる相続税額は、売却した土地に対応する相続税額をもとに計算します。

相続財産全体に対して課税された相続税のうち、「売却した土地に対応する部分」を按分して求めるイメージです。

計算の目安は、次のとおりです。

なお、この計算式は国税庁No.3267の正式算式を簡略化したものです。

債務がある場合や相続時精算課税を利用している場合は異なりますので、正確な計算は税理士にご確認ください。

取得費加算の特例については、関連記事『取得費加算の特例をわかりやすく解説｜適用のチェックシートや不動産・株式の計算式』にて解説しています。

特例を利用した場合の税金の違い｜計算例紹介

以下の条件の売買において、取得費加算の特例の有無による譲渡所得税の比較を行います。

• 売却価格：4,000万円
• 取得費：2,000万円（被相続人の購入価格）
• 譲渡費用：100万円（仲介手数料など）
• 税率：約20.315%（長期保有）
• 相続税の申告期限から3年以内に売却
• 加算できる相続税額：400万円

このように、取得費加算の特例を使うだけで、数百万円規模の節税になるケースがあります。

空き家の3,000万円特別控除も要確認

空き家の3,000万円特別控除とは？

「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除」（通称：空き家特例）とは、相続した空き家（または空き家を取り壊した後の土地）を売却した場合に、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる制度です。

2016年4月1日から2027年12月31日までの間に、被相続人居住用家屋またはその敷地などを売却した場合に、一定の要件に該当すれば適用できます。

この特例を適用すると、譲渡所得が3,000万円以下であれば、税金がかからない可能性もあるため、適用できれば大きな節税効果が期待できるでしょう。

ただし、2024年1月1日以降の売却分から、当該空き家（居住用財産）を相続または遺贈により取得した相続人の数が3人以上いる場合は、各相続人の控除額が2,000万円に引き下げられます。

特例の適用条件

空き家特例では、適用要件が細かく設定されています。ここでは、主なものについて確認していきましょう。

「人」に関する要件

まずは、売る人が相続や遺贈によって、その家屋や土地を引き継いだ本人であることが要件です。

「物件」に関する要件

物件については、主に以下の要件が設けられています。

• 相続の開始の直前において、被相続人以外に居住をしていた人がいなかったこと（被相続人が一人暮らしであったこと）
  ※被相続人が老人ホームなどに入所していた場合は、入所直前まで一人で居住しており、入所後に貸付・他者居住の用に供されていなかったことが要件
• 1981年（昭和56年）5月31日以前に建てられた家屋であり、一定の耐震基準を満たすこと
  ※2024年1月1日以降の譲渡については、売主または買主が譲渡の翌年2月15日までに耐震改修工事または取り壊し（除却）を行う場合も対象
• 区分所有建物登記がされている建物（マンションなどのように、各部屋ごとに不動産登記がされている建物）ではない
• 相続時から譲渡時まで、事業用・貸付用・居住用として利用していない

「売却」に関する要件

物件を売却する際に、以下の要件を満たしていることが必要です。

• 相続開始日から3年を経過した日が属する年の12月31日までに譲渡すること
• 売却代金が1億円以下であること
• 親子や夫婦など、「特別の関係がある人」への売却ではないこと

特例を利用した場合の税金の違い｜計算例紹介

以下の条件の売買において、空き家の特例の有無による譲渡所得税額の比較を行います。

• 売却価格：8,000万円
• 取得費：3,000万円
• 譲渡費用：200万円
• 税率：約20.315%（長期保有）
• 控除額：3,000万円（相続人2人）

空き家特例が使える場合、取得費加算の特例よりも節税効果が大きくなるケースが多いです。

【注意】取得費加算の特例との併用は不可

取得費加算の特例と空き家の3,000万円特別控除は、同一の土地の売却について原則として併用できません。

どちらか一方を選択する必要があります。

一般的には、譲渡所得が大きい場合は3,000万円控除の方が有利になりやすいですが、建物の築年数や利用状況、相続人の数などによって適用の可否や有利不利は変わるでしょう。

どちらの特例を選択すべきかは個別の状況によって異なるため、事前に税理士へ相談することをおすすめします。

相続した土地を売却する場合にすべきこと

相続した土地を売却するまでの流れ

相続した土地を売却する場合は、次のような流れで進めるのが一般的です。

STEP1　遺言書の確認・遺産分割協議

まず被相続人の遺言書があるかどうかを確認します。

遺言書がある場合は原則としてその内容に従って手続きを進め、遺言書がない場合（または遺言書と異なる分割をする場合）は、相続人全員で誰が土地を相続するかを話し合います（遺産分割協議）。

なお、遺言書と異なる分割を行うには、原則として相続人全員、および遺言執行者がいる場合は遺言執行者の合意も必要です。

STEP2　相続登記（名義変更）

遺産分割が決まったら、法務局で土地の名義を相続人へ変更します。

相続した不動産は、被相続人名義のままでは売却できないため、売却前に必ず相続登記を行う必要があります。

なお、相続登記は2024年4月1日から義務化されており、不動産を取得したことを知った日から3年以内に申請しなければなりません。

正当な理由なく怠った場合は、10万円以下の過料が科される可能性があります。

STEP3　不動産会社への査定依頼・媒介契約

不動産会社に査定を依頼し、売却価格の目安を把握します。

そのうえで、売却活動を依頼する不動産会社と媒介契約を締結しましょう。

複数社に査定を依頼することで、適正な価格を見極めやすくなります。

STEP4　売却活動・売買契約

不動産会社による売却活動を経て買主が見つかれば、売買契約を締結します。

契約時には、売買代金の一部（手付金）を受け取るのが一般的です。

STEP5　引き渡し・代金受領

残代金を受け取ると同時に、土地の所有権を買主へ移転します。

これで売却手続きは完了です。

STEP6　確定申告

土地を売却した場合は、売却した翌年の確定申告期間に、譲渡所得の申告と納税が必要です。

申告期間は原則として2月16日から3月15日までですが、期限日が土日祝日の場合は翌開庁日に延長されます。

なお、相続登記（名義変更）の手続きについては、以下の記事も参考にしてください。

関連記事

土地の名義を変更したら相続税がかかる？名義変更と課税条件を解説

相続した土地の売却後は確定申告を

特例・控除で税金がかからなくても確定申告は必要

相続した土地を売却して利益（譲渡所得）が発生した場合は、原則として確定申告が必要です。

また、特例や控除を適用して税額がゼロになる場合でも、適用を受けるためには確定申告が必要となるケースがほとんどです。

申告を忘れると特例が適用されなくなるため、注意しましょう。

申告期限と申告方法

相続した土地を売却した場合の確定申告は、売却した年の翌年に行います。

申告期間は、原則として2月16日から3月15日までです（期限日が土日祝日の場合は翌開庁日に延長されます）。

たとえば、2024年中に土地を売却した場合は、2025年の確定申告期間中に申告・納税を行います。

確定申告の方法は、次のいずれかです。

• 税務署へ持参または郵送
• e-Taxによる電子申告

近年はe-Taxによる申告が一般的になっており、自宅から手続きできるため便利です。

必要書類

確定申告の際には、主に以下の書類が必要です。

• 確定申告書（第三表）
• 譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）【土地・建物用】

また、特例を利用する場合には以下のような書類も必要となります。

• 取得費加算の特例の利用する場合
  相続財産の取得費に加算される相続税の計算明細書
• 空き家特例を利用する場合
  被相続人居住用家屋等確認書

被相続人居住用家屋等確認書は、売却した土地の所在地を管轄する市区町村で交付を受けましょう。

必要書類は個別の状況によって異なるため、事前に税務署や税理士へ確認しておくと安心です。

節税のポイントと注意事項

（1）特例の期限を把握しておく

取得費加算の特例は「相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日」が譲渡の期限です。

一方、空き家の3,000万円特別控除は「相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日まで」であり、それぞれで期限が異なります。

相続後に売却を先延ばしにしていると、これらの特例が使えなくなる可能性があります。

売却を検討し始めた段階で、必ず期限を確認しておきましょう。

（2）取得費に関する書類を探しておく

被相続人が土地を購入したときの売買契約書や領収書が残っていれば、取得費を実額で計算できます。

取得費を正確に把握できれば、譲渡所得を抑えることができ、税負担の軽減につながります。

反対に、書類が見つからず概算取得費（売却価格の5％）を使うと、税額が大きくなるケースも少なくありません。

遺品整理の際には、購入時の売買契約書や仲介手数料の領収書、登記費用の書類などを意識して確認しておくことが重要です。

（3）相続人が複数いる場合は分割方法を検討する

土地を複数の相続人で共有して相続した場合、売却後の利益は持分割合に応じて各相続人に分配されます。

また、取得費加算の特例や空き家の3,000万円特別控除についても、各相続人ごとに適用の可否や有利不利が異なることがあるでしょう。

そのため、遺産分割の段階から売却を見据えて分割方法を検討しておくことで、全体の税負担を抑えられる可能性があります。

（4）早めに税理士に相談する

特例の適用可否や、取得費加算の特例と空き家の3,000万円特別控除のどちらが有利かは、物件の状況や相続人の構成などによって異なります。

売却後に「こちらの特例を選べばよかった」と後悔しても、原則としてやり直すことはできません。

そのため、売却を決める前の段階で税理士に相談し、最適な方法を検討しておくことが重要です。

まとめ｜節税方法については税理士に相談を

相続した土地を売却した場合、譲渡所得に対しては所得税・住民税・復興特別所得税の3種類がかかり、保有期間が5年を超えるかどうかで税率が大きく変わります。

保有期間は被相続人の取得日を引き継ぐ点にも注意が必要です。

また、取得費加算の特例や空き家の3,000万円特別控除など、税負担を軽減できる制度もありますが、併用はできず、適用期限も定められています。

さらに、利益が出た場合はもちろん、特例を利用する場合も確定申告が必要です。

相続不動産の売却は判断が複雑になりやすいため、事前に制度を確認し、必要に応じて税理士へ相談することが重要です。