合同会社の持分は相続できる？相続税評価の方法と相続対策を解説

合同会社の社員が亡くなった場合、「持分はそのまま相続人に引き継がれる」と思われがちですが、実際にはそうとは限りません。

合同会社では、定款の内容によって「持分そのものを相続する」のか、「持分の払戻請求権を相続する」のかが決まります。また、相続税の評価方法や、相続人が複数いる場合の取り扱いなど、株式会社の株式相続とは異なるルールも数多く存在します。

この記事では、合同会社の持分相続の仕組みや相続税の計算方法、相続時の注意点、合同会社を活用した相続対策までわかりやすく解説します。

合同会社の社員が亡くなったら相続はどうなる？

合同会社の相続は2パターン｜確認方法は？

合同会社は、日本の会社法に基づいて設立できる法人形態のひとつです。

出資者は「社員」と呼ばれ、その社員としての地位（出資に基づく権利・義務のまとまり）を「持分」といいます。

合同会社の社員が亡くなった場合の相続として想像されがちなのは「相続人が持分を受け継ぐ」ということですが、実際には以下の2パターンに分かれます。

どちらに該当するか確認する方法

持分を相続する場合は、合同会社の定款にその旨が記されています。特に記載がなければ、原則に従い持分の払戻請求権を相続します。

よって、会社の他の社員（業務執行社員など）に定款の確認を求めましょう。

それでも確認できず、かつ設立や定款変更の登記から10年以内であれば、法務局に対して登記簿の附属書類として閲覧請求を行える場合があります。

閲覧請求には、社員が死亡した旨を証明する戸籍・社員の相続人であることを証明する戸籍などが必要になります。

閲覧のみでコピーはできないため、メモできるものを持っていくと良いでしょう。撮影が可能かどうかは法務局により異なります。

（1）原則として持分の払戻請求権を相続する

合同会社の持分は、会社法607条により原則として相続の対象にはなりません。

合同会社の社員が死亡すると退社となり、相続人が社員としての地位をそのまま引き継ぐわけではありません。

この場合、相続人は、退社した社員が持っていた持分について、会社に払い戻しを求める権利（払戻請求権）を相続します。実際の払戻額は、退社時における会社の財産状況に基づいて計算されます（会社法611条2項）。

相続税の申告では、この払戻請求権を次のように評価します（国税庁「持分会社の退社時の出資の評価」）。

払戻請求権の相続税評価額＝（各資産を財産評価基本通達により評価した価額の合計額－各負債の合計額）×持分

会社から実際に払い戻される金額と、相続税申告で用いる評価額では、資産の評価方法が異なることがあります。相続税評価では、各資産を財産評価基本通達に基づいて評価する点に注意しましょう。

合同会社と同じ「持分会社」に分類される合資会社で社員が死亡した事案で、相続開始後に会社と相続人の間で払戻額を0円とする合意をしても、相続税上の評価額は相続開始時の会社の財産状況をもとに判断するとした裁判例もあります（名古屋地判令6・2・22）。

払戻しを受けても、相続人が自動的に社員になるわけではありません。合同会社の社員となるには、別途、社員として加入する手続きが必要です。

払戻請求権を行使する際の注意点

社員の死亡退社によって払戻請求権を取得した場合、その価額のすべてがみなし配当になるわけではありません。

持分に対応する資本金等の額を超える部分は、みなし配当として被相続人の配当所得（総合課税）の対象となります。一方、みなし配当に当たらない部分は、一般株式等に係る譲渡所得等として取り扱われます。

国税不服審判所が、持分会社の社員が死亡により退社し、払戻請求権を取得した時点で、出資額を超える部分が被相続人のみなし配当に当たると判断した事例があります（令和4年6月2日裁決）。

みなし配当が生じ、被相続人に確定申告義務がある場合は、相続人が相続開始を知った日の翌日から4か月以内に準確定申告を行う必要があります。

また、合同会社側には、みなし配当に対する源泉徴収義務が生じます。

持分払戻額が剰余金額を超える場合は、会社法635条に基づく債権者保護手続きが必要です。

• 持分払戻額が剰余金額を超え、純資産額以下の場合：異議を述べる期間は1か月以上
• 持分払戻額が純資産額を超える場合：異議を述べる期間は2か月以上

債権者保護手続きでは、会社が官報で公告するとともに、知れている債権者に個別に催告します。

官報に加えて、定款で定めた日刊新聞紙または電子公告でも公告した場合は、一定の場合に個別の催告を省略できます。ただし、持分払戻額が純資産額を超える場合は省略できません。

なお、持分の払戻しに伴って資本金を減少させる場合は、払戻額が剰余金額以下であっても、別途、会社法627条に基づく債権者保護手続きが必要となることがあります。

債権者保護手続きの終了までは、払い戻しを受けることができません。

（2）「相続人への承継」条項があれば持分を相続する

会社法608条1項・2項から、「社員が死亡した場合、その相続人が持分を承継する」という条項が定款に盛り込まれていれば、相続人が社員の地位ごと持分を引き継げます。

なお、相続人が複数いる場合には注意が必要です。

定款に持分の承継条項がある場合、持分を承継した相続人は、それぞれ社員となります（会社法608条2項）。ただし、相続人が2人以上いるときは、承継した持分について権利を行使する人を1人定めなければ、原則としてその権利を行使できません（同条5項）。

つまり、「社員になる人」と「持分について権利を行使する人」は別に考える必要があります。相続人が複数いる場合に備えて、持分の承継方法を定款であらかじめ定めておくと、相続後の手続きを進めやすくなります。

合同会社の持分を承継した場合の相続税評価方法

相続税を計算するには、まず相続した合同会社の持分の相続税評価額を算出する必要があります。

合同会社の持分の評価方法は、国税庁の財産評価基本通達で定められており、「取引相場のない株式（非上場株式）の評価方法に準じて評価する」とされています。

合同会社の持分は株式ではありませんが、相続税の計算では非上場株式と同じ考え方で評価することになります。

ただし、定款に承継条項がなく、相続人が持分払戻請求権を相続する場合は、前述のとおり、持分そのものではなく持分払戻請求権として評価します。

以下では、定款の承継条項により持分を承継する場合の評価方法を解説します。

会社の規模によって評価方式が変わる

合同会社の持分は、非上場株式の評価方法に準じて計算します。

非上場株式の評価方法は3種類あり、そのいずれか（または組み合わせ）が用いられます。

どの評価方式を使うかは、まず持分を取得した人が同族株主等に該当するかどうかで判断します。同族株主等以外の人が取得した少数持分は、原則として配当還元方式で評価します。

同族株主等が取得した場合は原則的評価方式を用います。会社の規模を従業員数、総資産価額、直前期末以前1年間の取引金額などから判定し、その区分に応じて評価方式を決めます。

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合同会社の持分の相続税評価方法

①類似業種比準価額方式

同業種の上場会社の株価を参考にしながら、「1株あたりの配当金額」「利益金額」「純資産価額」の3つの要素を比較して評価する方法です。

合同会社は株式を発行しませんが、評価上は「1口あたり」の価値として計算します。

一般的に、純資産価額方式よりも評価額が低くなる傾向があるため、大会社・中会社の評価では有利になることがあります。

②純資産価額方式

会社の資産から負債（および含み益に対する法人税等相当額）を差し引いた純資産を基準に評価する方法です。

含み益のある不動産や有価証券を多く保有している会社では評価額が高くなりやすい一方、会社の実態的な価値をそのまま反映しやすい方式です。

小会社や資産管理型の合同会社では、この方式が主に使われます。

なお、承継条項がなく持分払戻請求権として評価する場合も、会社の資産から負債を差し引く考え方は同じですが、含み益に対する法人税等相当額は差し引きません。類似業種比準価額方式も使えないため、同じ会社でも、持分を承継する場合より評価額が高くなることがあります。

③配当還元方式

少数持分（経営に実質的な影響力を持たない少数の持分）を評価する場合に使われる方法です。

過去2年間の実績をもとに1年間の配当金額を算出し、一定の利率（10%）で割り戻して（還元して）計算するため、評価額が低くなりやすい特徴があります。

合同会社の持分相続で生じやすいトラブルと注意点

合同会社の持分相続では、株式会社の株式相続とは異なるトラブルが起きやすいです。あらかじめ注意点を把握しておきましょう。

（1）定款を確認していなかったことで混乱が生じる

合同会社の定款は公開されていないため、遺族が定款の内容を把握していないことが多くあります。

相続発生後に初めて定款を確認し、「持分を引き継げない」「払戻しになる」と知ってトラブルになるケースが少なくありません。

社員が存命のうちに、定款の内容を家族・後継者と共有しておくことが重要です。

（2）持分の評価をめぐって税務上の問題が生じる

合同会社の持分評価は複雑で、評価方法の選択によって相続税額が大きく変わることがあります。

誤った評価方法で申告してしまうと、後から税務署に指摘され、追加の税金（過少申告加算税など）が課される可能性があります。

適切な評価が行えているかどうかについて、専門家である税理士に相談し、確認してもらうべきでしょう。

（3）相続人が複数いる場合の持分の扱いが難しい

持分（社員権）は株式のように細かく分割して流通させる性質ではないため、相続人が複数いる場合の遺産分割協議で揉めやすいです。

誰が持分を引き継ぐか、他の相続人には代わりに何を渡すかなど、慎重な協議が必要となります。

（4）会社の運営が止まるリスクがある

承継条項がなく、相続人への持分承継ができない場合、特に1人社員の合同会社では社員がいなくなり解散・清算に移行するリスクがあります。

事業を継続するためには、承継条項の整備や後継者を社員として加入させる手続きを事前に整えておく必要があります。

合同会社を活用した相続対策

合同会社は、相続対策ツールとして活用されることがあります。

主に「財産管理型合同会社」の設立という形で活用されますが、メリットとデメリットの両面を正確に理解することが大切です。

財産管理型合同会社による相続対策｜メリットとデメリット

不動産や有価証券などの資産を合同会社に出資し、その合同会社の持分を相続財産として扱う方法です。この仕組みを使うことで、次のような効果が期待できます。

主なメリット

• 評価額の圧縮効果
  不動産を直接相続するよりも、合同会社を通じた持分として評価する方が、相続税評価額が低くなる場合がある
• 所得の分散
  資産から生じる所得を所有者だけでなく、合同会社の業務執行社員の報酬として分配することで保有財産を減らし、相続税の負担を軽減できる
• 名義変更のコストを削減
  相続時の所有権移転登記が不要なため、登録免許税の負担を避けられる（ただし、業務執行社員や代表社員の変更など、登記事項に変更がある場合は商業登記の費用がかかる）
• 財産の分散管理
  複数の相続人に持分を分けることで、財産の共有よりも管理しやすくなることがある
• 経営権の集中
  定款で業務執行社員を指定することで、特定の後継者に実質的な経営権を集中させることができる

主なデメリット・注意点

• 節税効果は限定的：税務当局は過度な租税回避に対して厳しい姿勢をとっており、評価額の圧縮が否認されるリスクがある
• 現物出資で税金がかかることがある：含み益のある不動産や有価証券を合同会社に現物出資すると、出資者に譲渡所得税がかかる場合がある
• 維持コストがかかる：合同会社の設立・維持には費用や手間が伴う
• 定款設計が重要：定款の記載が不適切だと、想定どおりの相続ができなくなる
• 相続後の社員トラブル：相続により新たに社員となった人との間で意思統一が取れず、経営が滞る危険性がある

家族信託との比較

「家族信託」とは、特定の目的（例えば「自分の老後の生活・介護等に必要な資金の管理及び給付」等）に従って、その保有する不動産・預貯金等の資産を信頼できる家族に託し、その管理・処分を任せる仕組みです。

合同会社と家族信託は、どちらも財産管理・承継の手段として注目されていますが、性質が異なります。

家族信託による相続税対策に関して詳しく知りたい方は『信託と相続の関係｜家族信託における相続税や相続税対策の効果を解説』の記事をご覧ください。

合同会社の相続でよくある質問

Q. 株式と持分の違いは？

株式会社の「株式」と混同されがちですが、持分と株式はまったく別の概念です。主な違いを整理すると、次のとおりです。

このように、合同会社の持分は株式に比べて「人的な結びつき」が強い財産です。

誰でも自由に承継できるわけではなく、定款の内容が相続の行方を大きく左右します。

定款に定めがない場合、相続人が後から社員を引き継ぐことはできません。

合同会社の相続は専門家に相談すべき理由

合同会社の社員が亡くなった場合、相続人が当然に持分を引き継げるわけではありません。原則として相続人は持分の払戻請求権を相続し、定款に「相続人への承継条項」がある場合に限り、社員として持分を承継できます。

また、合同会社の持分は非上場株式の評価方法に準じて相続税評価額を算出するため、会社規模や評価方式によって評価額が大きく変わることがあります。評価を誤ると相続税にも影響するため、慎重な判断が必要です。

合同会社の相続では、定款の内容や持分の評価、相続人間の調整など、確認すべき事項が多くあります。必要に応じて税理士・弁護士・司法書士などの専門家に相談しながら、手続きを進めましょう。

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